Sebagaimana yang diamanatkan dalam Rencana Strategi Daerah (RENSTRADA), Kabupaten Halmahera Selatan 2005-2009, maka strategi kebijakan pembagunan Kabupaten Halmahera Selatan adalah: 

1. Bidang Hukum 
Untuk mendukung pembangunan daerah, maka diperlukan penyusunan produk hukum daerah berdasarkan nilai-nilai lokal, demokrasi, perlindungan hak-hak asasi manusia, keadilan, kejujuran, dan kebenaran. Tata pemerintahan yang baik (good governance) mengandung makna; 
a). Adanya transparansi dan partisipasi masyarakat dalam pembuatan keputusan; 
b). Penegakan hukum harus dilaksanakan seadil-adilnya; 
c). Adanya akuntabilitas dalam setiap kebijakan publik; dan 
d). Adanya jaminan keamanan dan ketertiban umum dalam penyelenggaraan pembangunan daerah. 

2. Bidang Pendidikan 
Untuk menunjang peningkatan kualitas sumberdaya manusia maka diperlukan kebijakan: 
a). Pengentasan buta aksara; 
b). Adanya partisipasi aktif pemerintah, sektor swasta dan masyarakat dalam dunia pendidikan; 
c). Adanya intensitas pengkajian kurikulum yang disesuaikan dengan lingkungan; 
d). Adanya kreativitas dan inovasi baru tenaga pendidik untuk memperluas pemahaman ilmu pengetahuan, dan penerapan teknologi; 
e). Perluasan kesempatan dan pemerataan pendidikan; 
f). Peningkatan mutu dan relevansi pendidikan dan; 
g). Adanya peningkatan Realokasi anggaran APBD pada sektor pendidikan pada setiap tahun anggaran. 

3. Bidang Ekonomi 
Pengembangan ekonomi yang bertumpuh pada ekonomi kerakyatan, harus lebih diterjemahkan sebagai perekonomian daerah yang berorientasi global dengan memanfaatkan kemajuan teknologi, serta membangun keunggulan kompetitif berdasarkan keunggulan koperatif dari setiap produk unggulan terutama pertanian, perikanan dan kelautan, perkebunan, kehutanan, pertambangan, pariwisata, serta industri kecil dan kerajinan, untuk itu kebijakan yang perlu dibuat adalah: 
a). Mendorong pengembangan agribisnis yang menopang agroindustri pertanian yang kuat; 
b). Pengembangan agribisnis perikanan, masyarakat pesisir, dan pemanfatan potensi bahari; 
c). Adanya lembaga penjaminan bagi pengembangan UKM, koperasi; 
d). Terciptanya kompetisi bisnis yang sehat; 
e). Tersedianya peluang investasi pada pelaku ekonomi lokal ; 
f). Membuka seluas mungkin masuknya investor domestik dan asing dalam mengembangkan sektor unggulan daerah; dan 
g). Pengembangan pariwisata berdasarkan budaya lokal. 

4. Bidang Sosial dan Agama 
Masalah utama yang menjadi perhatian dalam rangka pembangunan kembali pasca konflik yang ditempuh dengan kebijakan 
a). Terciptanya kerukunan hidup antar umat beragama; 
b). Memaknai pentingnya kemajemukan bagi setiap pemeluk agama; 
c). Mengembangkan budaya lokal; 
d). Mendorong peningkatan taraf dan mutu kehidupan yang layak; 
e). Perlindungan kepada anak, wanita dan lanjut usia; 
f). Peranan pemuda dalam penyelenggaraan pembangunan daerah; 
g). Peningkatan partisipasi sosial untuk meningkatkan peran serta masyarakat seluas-luasnya demi terciptanya kemandirian masyarakat dalam menunjang keberlangsungan pembangunan daerah; dan 
h). Meningkatkan pembinaan generasi muda terhadap bahaya narkoba, dan pornografi. 

5. Bidang IPTEK, Sumberdaya Alam dan Lingkungan Hidup 
Untuk mengatasi permasalahan ini maka arah dan kebijakan yang mesti di ambil adalah: 
a). Meningkatkan penguasaan dan pemanfaatan teknologi informasi; 
b). Meningkatkan penguasaan teknologi tepat guna dengan prioritas teknologi pedesaan (teknologi agribisnis, teknologi industri kecil) yang memperhatikan kondisi lingkungan; 
c). Mendorong penelitian dan pengembangan di bidang teknologi dan lingkungan hidup; 
d). Mengelolah potensi sumber daya alam yang ramah lingkungan; 
e). Mengoptimalkan konservasi dan rehabilitasi lingkungan menurut kualitasnya sehingga kualitas ekosistem; 
f). Mendorong terciptanya pengelolaan lingkungan di daerah perkotaan dan pedesaan; 
g). Mengembangkan bentuk-bentuk kerjasama antar daerah dalam pengelolaan lingkungan hidup di kawasan pesisir pantai, kawasan kritis, daerah aliran sungai dan lainnya; dan 
h) Mengembangkan pembagunan yang berkelanjutan yang ramah lingkungan, antar stakeholder.