Letak geografis, struktur geologi, bentuk lahan dan topografi Kabupaten Halmahera Selatan menjadikan daerah ini masuk kategori rawan bencana. Bencana yang bisa muncul adalah letusan gunung api, gempa tektonik dan longsor lahan. Bencana itu belum termasuk efek kerusakan lingkungan lain yang mungkin timbul akibat pengelolaan lingkungan yang salah, seperti erosi lahan secara massif, abrasi, intrusi air laut, erosi lahan dan kekurangan air bersih. Oleh karena itu, mitigasi bencana alam yang terpadu, penataan ruang yang konsisten, pembangunan industri dan permukiman yang ramah lingkungan serta kesadaran penduduk akan pentingnya menjaga kelestarian alam akan sangat menentukan keberlanjutan pembangunan di Halmahera Selatan. 

Kondisi perekonomian ke depan akan sangat ditentukan oleh pemanfaatan potensi kekayaan laut. Sedikitnya warga yang berprofesi sebagai nelayan (3,3 persen dari 119.483 penduduk usia kerja), padahal potensi kelautan baru 21 persen yang termanfaatkan, menjadikan pemanfaatan potensi kelautan sebagai lahan pekerjaan yang menjanjikan untuk terus digali. Apalagi selama ini tenaga kerja justru terserap banyak di bidang tanaman pangan (20 persen), yang tidak didukung oleh lahan yang subur, menjadikan sektor kelautan harus didorong untuk terus diminati oleh penduduk dengan membangun sarana dan fasilitas pendukung, serta pendidikan yang memadai.

Ketahanan pangan akan menjadi masalah serius di masa mendatang jika tidak ada diversifikasi yang berbasis sumberdaya tanaman pangan lokal. Produksi padi sawah dan ladang kabupaten Halmahera Selatan hanya sebesar 3.386,4 ton pada tahun 2003. Jika dibandingkan dengan jumlah penduduk sebesar 170.685 jiwa, maka tiap-tiap jiwa hanya akan memperoleh beras 19,9 kilogram/tahun. Kondisi ini, harus diantisipasi dengan budidaya dan pengembangan tanaman pangan lokal secara optimal.

Mobilitas dan aksesibilitas penduduk akan sangat tergantung dengan ketersediaan moda transportasi laut yang memadai. Pembangunan infrastruktur yang berhasil di bidang ini akan memberikan efek pengganda (multiplier effect) yang besar terhadap interaksi antar warga, laju barang dan jasa, tingkat kesehatan dan keterjangkauan pendidikan, ekonomi daerah dan kesejahteraan penduduk secara keseluruhan. 

Konflik antar suku dan agama akan tetap menjadi bahaya laten yang perlu diantisipasi dengan kebijakan yang komprehensif dan terencana. Interaksi antar warga dari berbagai suku dan agama harus dibangun dengan sengaja untuk membangun komunikasi dan menghilangkan sekat-sekat pembentuk kecurigaan. Media massa dengan visi jurnalisme damai juga harus didukung dan diciptakan oleh pemerintah daerah untuk menghindarkan masyarakat dari adanya provokasi yang merusak kedamaian. 


Berdasarkan laju pertumbuhan penduduk sebesar 1,99 % per tahun maka dapat diketahui proyeksi penduduk Halmahera Selatan dengan metode aritmatik pada 2025 adalah sebesar 289.216 jiwa. Proyeksi Kebutuhan pangan (beras) tahun 2025 berdasarkan kriteria Sayogyo (1971) adalah sebesar 36.152 ton., padahal produksi padi pada tahun 2003 hanya sebesar 3.386,4 ton. Produksi ini jauh lebih kecil dari kebutuhan yang semestinya yaitu 21.265,9 ton atau hanya mampu memenuhi sekitar 16%. Dengan kondisi daerah yang lebih didominasi oleh laut dan tanah kurang subur ditanami padi maka perlu dirumuskan strategi diversifikasi pangan, seperti sagu sebagai alternatif terhadap sedikitnya produksi padi.

Berdasarkan proyeksi penduduk di atas maka dapat diprediksikan pula kepadatan penduduk pada tahun 2025 yaitu sebesar 33 jiwa per kilometer persegi. Dengan peningkatan jumlah penduduk ini dapat diprediksikan kebutuhan yang berkaitan dengan kependudukan seperti sandang, perumahan, sarana dan prasarana pendidikan, sarana dan prasarana kesehatan, fasilitas ekonomi, fasilitas umum, dan lain-lain menurut standar minimal yang sebaiknya disediakan. 

Peningkatan jumlah penduduk akan berimplikasi pada peningkatan jumlah angkatan kerja. Peningkatan jumlah angkatan kerja ini menuntut peningkatan penyediaan lapangan kerja. Oleh karena itu perlu rumusan strategi pembukaan sektor-sektor yang potensial sebagai sarana penyediaan lapangan kerja terutama sektor perikanan dan kelautan, perkebunan, pertambangan, industri kecil dan menengah. 

Kemakmuran dan kesejahteraan penduduk akan dicapai jika penduduk sebagai subjek dan objek pembangunan berperan aktif dalam peningkatan kemampuan mengelola sumberdaya alam yang melimpah. Masyarakat didorong agar senantiasa berperan serta aktif dalam pembangunan daerah bersama dengan pemerintah daerah dan memberikan masukan dalam pelaksanaan pembangunan.

Berdasarkan perolehan PDRB tahun 2004, dengan PAD yang sangat kecil maka ke depan perlu dirumuskan kebijakan strategis untuk meningkatkan PAD. Beberapa alternatif yang dapat dilakukan Pemda adalah dengan melakukan penggalian dana khususnya sektor-sektor potensial yang belum digarap seperti sektor perikanan, kelautan, industri, perdagangan, jasa, pariwisata, perkebunan dan pariwisata. 

Potensi sumberdaya alam Halmahera Selatan banyak yang belum dikelola sehingga belum mampu memberikan nilai tambah bagi pendapatan daerah. Oleh karena itu perlu diidentifikasi agar dapat dimanfaatkan secara optimal dengan berpedoman pada kelestariaanya di masa depan atau bertumpu pada pembangunan berkelanjutan (sustainable development). Langkah kongkrit yang diambil meliputi: a) identifikasi potensi; b) pemetaan potensi; c) perumusan strategi pengelolaan; d) implementasi strategi pengelolaan; e) evaluasi pengelolaan dan sekaligus penyempurnaan strategi yang telah diterapkan.

Seluruh potensi bahan tambang baik yang berupa logam maupun non logam perlu dikelola dan dimanfaatkan untuk meningkatkan PAD dengan mempertimbangkan kelestarian lingkungan di sekitarnya. Prioritas pengelolaan jenis tambangnya ditentukan berdasarkan analisis biaya manfaat (cost benefit analysis) yaitu mempertimbangkan biaya dan hasil eksploitasinya. Oleh karena itu diperlukan studi untuk memaparkan besar kecilnya potensi tambang di masing-masing lokasi

Pembangunan sektor ekonomi harus memperhatikan asas pemerataan, artinya memperhatikan masyarakat yang berpenghasilan rendah terutama di bawah pendapatan per kapita daerah. Menurut United Nation (1961) kebutuhan dasar masyarakat yang sebaiknya dipenuhi adalah kebutuhan dasar yang berupa bahan makanan dan gizi, kesehatan, pendidikan, kesempatan kerja dan kondisi pekerjaan, perumahan, sandang, rekreasi, jaminan sosial dan kebebasan manusia. Dalam rentang waktu 20 tahun ke depan dapat dirumuskan strategi pemenuhan item yang paling penting dan mendesak secara bertahap disesuaikan dengan kondisi dan kemampuan daerah.

Ke depan akan sangat penting mewujudkan sistem dan iklim pendidikan yang demokratis, berkualitas, serta menguasai IPTEK sebagai konsekuensi dari globalisasi informasi. Kurikulum pendidikan juga harus berbasis muatan lokal dan ada standarisasi nasional atas itu untuk mengejar ketertinggalan dalam kualitas pendidikan. Oleh karenanya menghadapi tantangan nasional dan global yang semakin kompleks, maka ke depan adalah perlu adanya upaya-upaya terobosan membangun dan meningkatkan kualitas pengajar dan SDM unggul yang Competence, Cooperative dan Comprehension (3 C), dan berpijak pada pengembangan kredibilitas (credibility) intelektual yang agamis dan moralis sebagai modal dasar membangun SDM unggul.

Ke depan akan sangat penting upaya-upaya untuk peningkatan kualitas dan kuantitas pelayanan kesehatan dari segi tenaga medis dan non medis serta peningkatan jumlah dan penyebaran sarana dan prasarana kesehatan Rendahnya tingkat persentase vaksinisasi anak yang (dibawah 30 %) menunjukkan secara umum tingkat kerawanan penyakit dari anak-anak di Kabupaten Halsel sangat tinggi dan sekaligus menunjukkan tingkat kesadaran akan arti pentingnya yang masih rendah. Jumlah ibu yang mendapat vaksinisasi yang juga rendah mengakibatkan tingginya kemungkinan lahirnya bayi-bayi dengan tingkat kesehatan rendah. Hal ini jika tidak diantisipasi dengan segera akan mengakibatkan terancamnya pembangunan masa depan peradaban manusia modern di Kabupaten Halmahera Selatan, karena bagaimanapun faktor kesehatan adalah salah satu faktor terpenting pendukung pembentukan SDM unggul.