Dari sisi kebudayan  Halmahera Selatan  memiliki akar sejarah yang patut untuk diperhatikan. Selain karena di kabupaten baru ini berkedudukan satu dari empat kesultanan yang membentuk sebuah kebudayaan yang dikenal dengan nama ”Maloku Kie Raha”, juga karena daerah ini menyimpan beragam kekayaan sumber daya alam. Keempat kesultanan dimaksud adalah Kesultanan Ternate,  Tidore,  Jailolo,  dan Bacan.  Keempat  kesultanan  atau  kerajaan   tersebut

Menurut hikayat bersaudara kandung. secara keseluruhan dapat dibedakan dalam 3 wilayah kultural yaitu:

  • Wilayah kultur Ternate yang meliputi kepulauan Ternate, Halmahera Utara dan Kupulauan Sula,
  • Wilayah kultur Tidore yang mencakupi kepulauan Tidore dan Halmahera Tengah/Timur,
  • Wilayah kultur Bacan yang meliputi kepulauan Bacan dan Obi.

    
Pembagian wilayah budaya ini tidak menunjukkan suatu perbedaan prinsipal tetapi bersifat gradual, dilihat dari ciri adat istadatnya. Sedangkan untuk suku-suku yang ada di halmahera selatan ada beberapa suku yang terdiri dari: Suku Tobelo Galela, Makian Kayoa, Suku Boton, Suku Bajo, Suku Bacan, dan pendatang dari Gorontalo dan Jawa. Pengembangan dari masyarakat adat juga menjadi perhatian untuk dapat teridentifikasinya kelembagaan adat sebagai penopang pembangunan daerah dari sektor kebudayaan di halmahera selatan.


Berdasarkan lingkungan ekosistem kebudayaan, Penduduk Halmahera Selatan mendiami beberapa pusat lingkungan kebudayaan seperti kebudayaan masyarakat peladang serta pemburu yang masih sering berpindah tempat dan kebudayaan pantai yang banyak dipengaruhi kebudayaan Islam yang kuat serta kegiatan perdagangan yang menonjol. Penganut kebudayaan pantai ini selain dipengaruhi kebudayaan Islam juga karena kegiatan perdagangan. Mereka mengembangkan kebudayaan yang beorientasi pada perdagangan dan semangat mengutamakan pendidikan agama dan hukum Islam serta mengembangkan bentuk tari, musik dan kesusastraan sebagai unsur pemersatu. Pengembangan masyarakat pesisir sebagai pusat-pusat perdagangan juga menjadi pemicu pembangunan maka hal ini dapat diperhatikan dan dikembangkan untuk pembangunan masyarakat pesisir.